これまでの企画展示室
- [令和2年度] 所蔵資料展 お江戸のなんでもランキング２ めくるめく番付ワールド（6月16日～開催）
- [平成31年度] 特別展 近代測量150年記念 「測量×地図 測り・描き・守り・伝える」（9月22日～開催）
- [平成31年度] 所蔵資料展 写真展 「新宿風景 一枚の写真 そして未来へ」（6月1日～開催）
- [平成30年度] 所蔵資料展 「新宿の遺跡２０１９ [特集] 尾張徳川家戸山屋敷とその周辺」（2月23日～開催）
- [平成30年度] 新宿歴史博物館開館三十周年記念特別展 「新宿御苑 皇室庭園の時代」（10月20日～開催）
- [平成30年度] 所蔵資料展 「幻想の新宿 ―月岡芳年 錦絵で読み解く 四谷怪談ー」（6月30日から開催）
- [平成30年度] 所蔵資料展 写真展 「天空から見た新宿風景」（3月17日～開催）
- [平成29年度] 所蔵資料展 「色ガラス芸術のパイオニア 岩田藤七、久利」（12月9日～開催）
- [平成29年度] 漱石山房記念館開館記念特別展 漱石と子規 －松山・東京 友情の足跡－（9月24日から開催）
- [平成29年度] 所蔵資料展 れきはく どうぶつえん（5月27日より開催）
- [平成29年度] 新宿区成立70周年記念協働企画展 新宿の高層ビル群ができるまで（3月5日～開催）
- [平成28年度] 所蔵資料展 絵双六ワンダーランド（12月10日～開催）
- [平成28年度] 新宿区-伊那市友好提携10周年記念特別展 「信州高遠藩 歴史と文化」
- [平成28年度] 所蔵資料展 「牛込・四谷・淀橋・落合 しんじゅく歴史駅伝！」
- [平成28年度] 所蔵資料展 写真展 「戦後昭和の新宿風景」
- [平成27年度] 所蔵資料展 お江戸のなんでもランキング 番付の楽しさ
- [平成27年度] 協働企画展 熊本と新宿をつなぐ作家 漱石・八雲（7月19日～）
- [平成27年度] 協働企画展 田辺茂一生誕110年 作家50人の直筆原稿 雑誌『風景』より
- [平成26年度] 特別展 「新宿に縄文人現る －市谷加賀町二丁目遺跡の発見－」
- [平成26年度] 所蔵資料展 写真展 新宿・昭和50・60年代
